W kwietniu 2013 r. Urząd Miasta Toruń ogłosił przetarg na zaprojektowanie i wykonanie rewitalizacji dworca PKP wraz ze sprawowaniem nadzoru autorskiego nad realizacją wykonywanych robót budowlanych. Wykonawca sporządzi dokumentację projektową dla wszystkich branż, a także uzyska wszystkie niezbędne uzgodnienia, opinie i zezwolenia, po czym przystąpi do przebudowy. Na wykonanie całości będzie miał 92 tygodnie. Przetarg zostanie rozstrzygnięty na początku czerwca.
W połowie 2015 r. dworzec będzie gotowy do użytku. Koszt modernizacji oszacowano na 35 mln zł.Projekt będzie w 61 proc. dofinansowany ze środków Unii Europejskiej.
Dworcowe budynki zostaną kompleksowo odnowione. W hallu kasy biletowe zostaną przesunięte w stronę obecnej poczekalni, a ta przeniesiona bliżej obecnych pomieszczeń restauracji. Dzięki temu powstanie miejsce pod funkcje komercyjne. Dostać się tam będzie można przejściem podziemnym, które zostanie poszerzone i przedłużone do ul. Podgórskiej. W podziemiach także będą się mogły mieścić niewielkie sklepiki i punkty usługowe. Do hallu wjeżdżać się będzie ruchomymi schodami lub windą dostosowana do potrzeb osób niepełnosprawnych. Przebudowane zostaną również perony. Wszystkie będą zadaszone i wyposażone w tzw. azyle, czyli przeszkolone pomieszczenia, w których podróżni będą mogli czekać na pociąg. Niepełnosprawni dostaną się na nie windami lub ruchomymi schodami.